A rendszerváltással és a Szovjetunió megroppanásával párhuzamosan az Ikarus is válságos helyzetbe került. Legfőbb felvevőpiaca, a KGST országai elkezdtek elzárkózni a Magyarországról való járműbeszerzésektől, ráadásul a gazdasági helyzetük sem oldódott meg azonnal pusztán a politikai változások nyomán, így akik akartak volna sem feltétlenül tudtak vásárolni a magyar vállalattól. Azon ügyfelek pedig, akik mindezek ellenére mégis vásároltak, csak a legritkább esetben érdeklődtek az ekkor már újnak jóindulattal sem nevezhető, de mégis modernebb és drágább 300-as, illetve 400-as típusok iránt. Továbbra is az ekkor még javában gyártásban lévő 200-as típuscsalád volt az érdeklődések középpontjában, amely ekkor már több mint 20 éves volt. Tetézte a problémákat, hogy 1990-ben Oroszország csődközeli helyzetbe került és a magyar kormány elkaszálta több mint 1000 darab, orosz rendelésre már legyártott autóbusz kivitelét az országból. Szintén ebben az évben a németek is visszamondtak egy komolyabb megrendelést.

Ezek az események és körülmények egy láncreakciót indítottak el, amely pusztító hatással bírt a magyar ipar nagy részére. Ennek részeként az Ikarus számos beszállítójával szerződést bontott, és inkább házon belül saját maga kezdte el legyártani a szükséges termékeket. Ez az üzletpolitikailag logikus húzás több tucat vállalkozás és gyár, többek között a Csepel Autógyár sorsának megpecsételődését jelentette.

Utolsó nagy fejlesztések

Mindezek ellenére az Ikarusnak sikerült a víz felett maradnia, amely részben olyan eseményeknek köszönhető, mint a brit piacra való betörés a 400-as család egyes tagjaival, amelyeket 1990-től egészen 2002-ig exportáltak a szigetországba. Ezek a járművek külön a brit igények szerint lettek kifejlesztve, és szinte kizárólag az ő részükre lettek szállítva. Az utolsó ilyen fejlesztésű modell 2000-ben készült el Ikarus 489 Polaris típusjellel. Ez a jármű időtálló formatervvel és a kornak minden téren megfelelő technológiával készült.

Emellett az Ikarus nem hagyott fel az autóbusz-fejlesztéssel, és 1993-ban előrukkolt az első, teljesen alacsony padlós modelljével, az Ikarus 411-essel. Ezzel a járművel a gyár ismételten bizonyította, hogy továbbra is a világ élvonalába tartozik, hiszen az első ilyen jellegű busz, a Van Hool A300 mindössze két évvel korábban, 1991-ben készült el. Azonban a 411-esből csak egy kis sorozat készült, ami részben a gyermekbetegségeknek, részben a 11 méteres kialakításnak volt köszönhető. A helyzetre a gyár viszonylag gyorsan reagált és csakhamar kifejlesztette az Ikarus 412-es típust, amelyből már nagyobb mennyiségű sorozat is készült. Egy jelentős méretű flottát a BKV még ma is üzemeltet belőle.[53] A 411-412-es párosnál is nagyobb nemzetközi visszhangja volt az Ikarus 417-es típusnak, amely a világ első, teljes hosszában alacsony padlós csuklós busza volt. Ez a tulajdonság olyan népszerűvé tette, hogy már rögtön a bemutatásakor megrendelés érkezett egy 17 darabos flottára a németországi Wuppertal városából. Azonban a modell sikere nem tartott sokáig, mivel azt meghibásodások, gyakori műszaki problémák árnyékolták be. Emiatt nagyobb megrendelés sosem érkezett a 417-esből és 7 év gyártási idő alatt mindössze 32 darabot adtak el belőle

Classic-sorozat

Egy Classic-sorozatú Ikarus C56-os

1998-ban a nehéz gazdasági helyzet és a 200-as családra való továbbra is kitartó igényre tekintettel a gyár felfrissítette a típuscsaládot és Classic néven kezdte árusítani, azonban ez párhuzamosan folyt a 200-asok értékesítésével. A sorozat új, modernebb, műanyag modulos homlok- és hátfalat, erősebb Rába D10-es vagy Detroit Diesel S50-es erőforrást és a kornak megfelelőbb belteret kapott. A sorozat végül is jó üzleti húzásnak bizonyult, mivel a keleti országokban és idehaza is több százat rendeltek a különböző típusokból, illetve a módosítások miatt az Ikarus is valamivel nagyobb összegért tudta őket árulni.[55]

Új tulajdonos

1999-ben a francia Irisbus megvásárolta az akkor már amúgy is gyengélkedő Ikarust, ami ekkor erőteljes zuhanópályára került. Az Irisbus nem rendelkezett hosszútávú céllal a márkát illetően, az egyetlen célja az Ikarus piacainak megszerzése volt, azonban az már a meglévő piacait sem tudta megtartani. Ennek következményeképpen 2000-ben bezárt a mátyásföldi üzemegység, majd 2003-ban az Irisbus felszámolta a teljes, akkor már csak Székesfehérvárott működő céget. Az utolsó három - Ikarus 280-as típusú - jármű 2003 októberében hagyta el a gyár kapuit.